做药物研发数据库系统网站时，想要添加本地BLAST功能。用biopython中的blast接口（需要本地安装blast+）。
由于编辑过windows系统的环境变量，在命令行直接输入“blastp -db xxx -outfmt 5 …”就可以直接输出序列比对结果。biopython实际上就是用了这个命令。
我用的是Python环境，Django框架做的网站，在视图模块中调用biopython中的相关函数，并处理blast输出的结果就可以得到我想要的序列比对结果。这种方法在Django内部的测试环境（>python manage.py runserver)下是没有问题的。但是一旦放到apache环境中部署就会产生问题，总是在执行blast代码的时候出现非零错误（returned non-zero exit status 1）。试了很多方法，也查了很久得不到解决方法。

最后，看到网上说估计还是路径问题。于是我想到，会不会是apache中它不识别环境变量中的blastp，而是要输入绝对路径？
于是我在NcbiblastpCommandline函数中加了个参数：cmd=’D:\Program Files\blast-2.2.28+\bin\blastp’，这个参数默认是blastp，我改成绝对路径后调试发现错误消失，可以正常使用。