本教程只适合用于已安装了Anaconda（miniconda）的 Windows 系统

创建 conda 环境

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conda create -n pymol python=3.12 pip
conda activate pymol
python -m pip install numpy pmw pyqt5

下载 pip 二进制“轮子”

地址如下：

https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases/download/v2024.4.9/pymol-3.0.0-cp312-cp312-win_amd64.whl

其他 Python 版本（≥3.10）的轮子可在如下链接找到（最新的Pymol版本是3.1.0）

https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases

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cd C:\Users\username\Downloads
python -m pip install pymol-3.0.0-cp312-cp312-win_amd64.whl

打开 Pymol

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conda activate pymol
pymol

也可以找到 D:\Anaconda\envs\pymol\Scripts 将pymol.exe新增快捷方式就可以双击打开

参考地址：

https://omicx.cc/posts/2024-04-13-install-open-source-pymol-3.0.x-in-windows-11/

Wheel 地址：https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels